Патладжаните се нарязват на дебели филии напречно около 1 см, посоляват се и се оставят да се отцеди горчивината. Запържват за кратко в 100-150 г от зехтина, колкото да омекнат.
Тиквичките се нарязват на дебели филии напречно около 1 см, посоляват се и се оставят да се отцеди водата.
Също се запържват леко в зехтина.
Приготвя се каймата, като се запържва лука в мазнината от пърженето, като ако е необходимо може да се добави още зехтин.
Прибавя се каймата и след като се запържи, се слагат обелените и нарязани домати.
Овкусява се със сол и черен пипер.
На дъното на тава се редят патладжаните, поръсват се с чесън нарязан на филийки, и се слага половината от каймата. Поръсва се с нарязан магданоз.
Върху каймата се нареждат тиквичките, слага се останалата част от каймата и се поръсва с бял риган и магданоз.

За заливката:
Приготвя се сос Бешамел, като в загрятото масло и зехтина, се запържва брашното. Добавя се малко по малко изстудено прясно мляко, като се бърка енергично. Подправя се на вкус и се оставя брашното да се свари за 5 минути на слаб огън.
Разбиват се яйцата с киселото мляко и се добавят към леко изстиналия сос Бешамел.
Мусаката се залива със соса.
Пече се на 180 С за 40-50 минути, докато заливката се зачерви.
По желание може да се поръси с малко кашкавал и леко запече мусаката, преди да се извади от фурната.